依照国家有关法律法规，公司不设股东会，由财政部代表国务院履行出资人职责。公司设董事会、经理层，建立法人治理结构。
国家铁路局（副部级）开行客货直通列车、办理军事运输和特殊货物运输审批；企业自备车辆参加铁路运输审批等职责被取消。该局起草铁路监督管理的法律法规、规章草案；组织或参与铁路生产安全事故调查处理等职责被强化。